Les fortes concentrations animales sur un territoire conduisent au relargage, dans l’environnement, des nutriments en excès entraînant un risque majeur de pollution y compris pour les sols. Outre le phosphore et l’azote, les effluents sont également des sources de contamination en éléments traces métalliques (cuivre et zinc), en molécules issues de traitements médicamenteux ou phytosanitaires. Ils sont aussi vecteurs d'agents pathogènes ou de parasites. Néanmoins, aucune contamination microbienne liée à des épandages d'effluents d'élevage n’a été identifiée en tant que source d’un problème de santé publique en Europe.
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